Przed pierwszym założeniem zawsze należy wyparzyć kubeczek przez co najmniej pięć minut i osuszyć. Aplikacja kubeczka, podobnie jak w przypadku tamponu, może odbywać się w różnych pozycjach, w zależności od preferencji danej osoby. Może to być więc pozycja stojąca, siedząca czy leżąca, ważne jednak, aby znaleźć najwygodniejszą dla siebie. Kubeczek menstruacyjny powinien być umieszczony płycej niż tampon, ale w taki sposób, by cały znajdował się w pochwie, razem z końcówką. Aby go włożyć, należy zgiąć kubeczek do środka lub w kształcie litery S albo C.