Nie jest to częste, jednak zdarza się, że u pacjentów, którzy mają założony port naczyniowy, dochodzi do powikłań. Może dojść do częściowej niedrożności portu, kiedy to możliwe jest podawanie leków, ale nie ma możliwości pobrania krwi. Może także wystąpić całkowita niedrożność, jeśli tworząca się wokół skrzeplina dostanie się do cewnika. Zdarza się to jednak bardzo rzadko – zatkanie się portu występuje u mniej niż jednego procenta pacjentów.