Wirusy brodawczaka ludzkiego namnażają się tylko w nabłonku płaskim, dlatego zakażają wyłącznie nabłonki skóry i błon śluzowych, które mają zdolność do proliferacji (czyli podziałów). Każdy rodzaj wirusa jest dodatkowo oznaczony numerem oraz wywołuje inne rodzaje zmian chorobowych. W zależności od typu wirusa, obraz kliniczny i histopatologiczny jest inny. Brodawki skórne są oznaczone numerami HPV 2, HPV 4, HPV 7 (brodawki zwykłe), HPV 1, HPV 2 (brodawki podeszwowe), HPV 3, HPV 10, HPV 26, 27, 28 (brodawki płaskie), brodawki błon śluzowych – wirusy HPV 6 i HPV 11; HPV 13 i HPV 32 (choroba Hecka – błona śluzowa jamy ustnej), brodawki płciowe – najczęściej wirusy HPV 6 i HPV 11.